自2013年9月1日印度尼西亚和巴基斯坦正式实施特惠贸易协定后，双边贸易增长显著。日前，印度尼西亚贸易部出口总司司长努斯在出席两国落实特惠贸易协定经贸对接会上称，巴基斯坦是印度尼西亚重要的经贸合作伙伴，由于实施特惠贸易协定，双边贸易快速增长，今年前5个月，双边贸易总额达8.4亿美元，较去年同期增长了28.3%，其中印度尼西亚向巴基斯坦出口7.6亿美元，同比增长38.9%。
　　印度尼西亚希望通过特惠贸易协定，继续加强同巴基斯坦的经贸合作，印度尼西亚贸易部也将组织多场经贸对接洽谈活动，以推动双边经贸往来。
　　巴基斯坦驻印尼大使表示，特惠贸易协定使双方产品的贸易渠道更加畅通，进出口环节更为便利，有利于双边贸易的增长和健康发展，本次巴基斯坦经贸代表团访问印度尼西亚，重点推动棕榈油、皮革制品、计算机等产品的贸易。在双边贸易中，今年一季度，巴基斯坦从印度尼西亚进口棕榈油占进口总额的61.8%，其后依次为煤炭（3434万美元）、纱布（2762万美元）、人造纤维（2299万美元）。
　　2012年2月，两国签署了特惠贸易协议，分别免除包括自巴基斯坦进口柑橘等产品关税和自印度尼西亚进口棕榈油等产品关税，印度尼西亚希望此项合作将进一步增加棕榈油、橡胶、纸张、鞋、煤炭和木材等对巴基斯坦出口，并借助巴基斯坦转口至邻近的中亚国家和中国西部地区，巴基斯坦则期望该协议能进一步扩大柑橘、纺织原料等产品对印度尼西亚出口。